КонохаПрошло 2 года после того как Пейн напал на Коноху. Коноха сильно пострадала, но благодаря усилиям всех жителей Коноха восстановилась. Все шло своим чередом. Наруто усиленно тренировался, чтобы вернуть Саске в Коноху, Сакура обучалась мадецинским техникам под руководством Цунаде. Все шиноби деревни выполняли свои задания. Все было спокойно пока один из разведывательных отрядов АНБУ не сообщает Пятой о том, что на горизонте появилась новая организация нападающая на деревни и двигается по направлению к Конохе. Цунаде крайне встревожена этим известием. Она приказывает, усилит охрану деревни. В это же время в деревню возвращается Саске. После того как он убил Орочимару и Итачи он решил вернуться домой. Пятую насторожило внезапное возвращение Саске, она подозревает его в шпионаже. Коноховцы напрочь отказываются принимать его, и у Учихи остались только два друга, которым можно довериться - Наруто и Сакура. Подозрения  Пятой верны, Саске действительно шпион, но он это тщательно скрывает. Проходит еще 18 лет и Наруто добивается своей цели, становится Хокаге. Цунаде, бывшая каге деревни становится старейшиной, и помогает Наруто нести тяжолое бремя Каге, вместе с ней Наруто помогают еще 2 человека вошедшие в круг старейшин, Какаши, Наруто пощитал его идиальным советником и полностью ему доверяет, и Джирайя. Джирайю, после битвы с Пейном полуживого, с оторванными рука, находит Какаши и приносит в Коноху, где были брошены все силы на его востановление. Что бы вернуть руки санину, Цунаде пришлось пойти на сделку с Мадарой. Она шла по коридору напровляясь к палате где лежал труп Какузы, открыв дверь она обнаруживает там Мадару с сердцем в руках. Цунаде с помощью специального приспособления вызывает отряд Анбу, вместе с ними приходит и Наруто. Мадара нежелая в даннный момент ни каких схваток, соглашается помочь Цунаде, оживив Какузу, что бы тот пришил руки Джирайи, в замен они могут спокойно уйти из деревне и ни кто их не тронет!...
В самой же Канохе не все так тихо, Данзо, все еще желающий власти над Конохой, разделяет ее на два "Лагеря". Корень, приближонные Данзо, и Наруто и его подчиненные. Разгорается гражданская война!
СунаГлавой деревни по-прежнему является Гаара. В управление деревней Гааре как могут, помогают его старшие брат и сестра: Темари и Канкуро. Между Конохой и Суной по-прежнему мир. темари все так же шатается между Конохой и Суной, с бумажными делами и разными экзаменами. Прошло некоторое время и в Суну вернулся старый отступник Сасори, его долго не хотели принемать, но он убедив их в том что будет верен Суне до конца, его все же принимают. С одной стороны в суне все тихо и спокойно. Но это только на первый взгляд. Канкуро, брат Гаары, вступает в заговор с Сасори и заключают мир с Акацуки, добывая для них нужную информацию, в замен на это Акацуки не тронут Суну.
АкацукеУчиха Мадара выходит из тени. Теперь он возглавляет Акацуке. Он собирает всех выживших членов и решает воскресить всех ранее умерших членов Акацке, и ему это удается. Проведя 15 лет в тишине, Мадара решил полностью, выполнить давно задуманный план по завоеванию мира шиноби.
ЯстребПосле победы над Итачи, Саске был перемещен в базу Мадары. Мадра объяснил ему кто истинный виновник в уничтожении клана Учиха. С этой самой минуты он начал еще больше ненавидеть Коноху. Саске создает новую организацию и называет ее Ястреб. Целью этой организации является полное уничтожение Конохи. Для того что бы осуществить свой план, Саске возвращается в Коноху. Он собирает информацию о нынешнем состояние деревни и составляет план по ее уничтожению.
Воскрешения мёртвых персонажейКакудзу – по приказу Мадары с помощью наемников похищают его тело из морга Конохи. Мадара лично его восстанавливает ему тело и приказывает восстановить все пять сердец. Но перед этим дает приказ восстановить тело Хидана.
Хидан - его тело находят в лесу Нара где его убили, с помощью Зетсу вытаскивает его из-под камней. Принеся остатки Хидана в логово, его тело восстанавливает Какудзу. Хидан служет новому лидеру, но хочет отомстить Шикамару.
Сасори – Мадара находит в Суне еще одного шпиона  Сасори, и приказывает найти тело Сасори. Тот отправляться к месту битвы Сасори и Чие и там  находит его мертвым. Приносит его тело к Мадаре. Мадара отдает жизнь помощника Сасори, за жизнь Сасори, тем самым  воскрешает его. Сасори видит перед собой нового лидера и остается служить ему.
Итачи - после того как был побежден Саске, лежал на земле и истекая кровью, медленно умирал. Но неизвестный медик, увидев Итачи, исцелил его, и вернул другие глаза, и перетащил парня в неизвестную деревню. Когда парень пришел в себя, он уже лежал на какой то кровати, в полу пустой комнате.
Дейдара –  его так же как и Хидано по частям собирае Какудзу.